Berikut adalah tantangan-tantangan kunci yang dihadapi dalam Rekayasa Perangkat Lunak(RPL) :
1. Tantangan Warisan (Legacy) : Tantangan memelihara dan meng-upadate perangkat lunak sedemikian sehingga biaya yang berlebihan dapat dihindari dan layanan bisnis yang penting tetap dilakukan.
2. Tantangan Heterogenitas : Tantangan teknik pengembangan untuk membangun perangkat lunak yang dapat diandalkan dan cukup flexibel untuk menghadapi heterogenitas yang ada.
3. Tantangan Pengiriman : Tantangan mempersingkat waktu kirim sistem besar dan kompleks, tanpa mengurangi kualitas sistem.